依据吉林省机构编制委员会批复（吉编事字〔2014〕178号），我院于2015年3月成立内设正处级科研机构——吉林省农业科学院（中国农业科技东北创新中心）农业质量标准与检测技术研究所（以下简称“质标所”）。

质标所成立之初，由农产品质量安全检测、转基因生物安全检测、植物新品种测试三个团队合并组成，其中，农产品质量安全检测始于1954年土壤农化化验室，植物新品种测试始于2000年农业部植物新品种测试（公主岭）分中心，转基因生物安全检测始于2002年农业部转基因检测中心。2016年2月，作物质量安全生产团队由我院资环所调入质标所；2018年9月，成立综合办公室。目前，共有1个综合办公室和4个研究团队。